雖然我國化肥產業市場化改革早已提上主管部門議事日程，有關部門也早已印發了草案征求意見稿，但因改革究竟會給化肥生產與農業生產帶來什么樣的影響目前尚無定論，所以改革方案至今沒有出臺。目前比較公認的方案是：分步驟取消對化肥生產實行的優惠政策，即先取消天然氣優惠，再取消電力及運輸優惠，然后取消增值稅優惠，并對農民種糧實行直接補助。

    對此，業內專家分析，這一方案的實施有可能對化肥生產、農業生產和農民收入帶來以下影響：一是導致化肥生產成本增加，部分企業因無力承受增加的成本，而影響市場供應能力；二是在市場經濟條件下，受國際市場和原料市場等因素影響，化肥供應和價格有可能出現難以控制的波動；三是導致農民生產支出增加，進而影響糧食產量，降低農民收入。

    專家認為，我國化肥產業雖然正在逐步走向以市場調控為主、政策調控為輔的道路，但仍應保留一定的扶持政策。原料優惠，目前以天然氣優惠和中小化肥企業電價優惠占主導，煤炭優惠基本不存在；運輸優惠，目前僅化肥成品享受優惠，原料基本沒有優惠；稅收優惠，氮肥免收增值稅，復合肥生產中按規定使用免稅原料占 70%以上時產品免稅，但實際上復合肥生產很少能享受到這一政策；配額內進口化肥實行增值稅先征后返、淡季儲備貼息，相當于每噸化肥有50元的利息補貼。由此可以看出，化肥產業優惠政策雖涉及面很寬，但每項政策落實在不同化肥產品及生產企業中卻存在很大差異?？傮w看來，我國化肥產業優惠政策雖然隨著市場經濟的發展在逐步減少，但仍達到400億元左右，影響程度大小依次為增值稅、電價、鐵路運價和計劃內天然氣價格。雖然政策改革對化肥產業的影響可通過技術進步、產業結構調整來適應，但化肥成本和出廠價上漲是必然的?；适袌鰞r格的上漲勢必給下游消費者即廣大農民帶來影響，農民會選擇少買化肥甚至干脆選擇放棄種糧，這將會嚴重威脅到國家糧食安全。

    化肥生產優惠政策的調整，對產業的影響是復雜的，隨著調整力度加大，市場價格必然上漲，產業結構和產品結構都會發生很大變化。為此，專家建議：化肥產業走市場化改革是大勢所趨，但一定要有3～5年時間的過渡期，給化肥企業、農資市場建設一個逐步適應和調整的過程，這一過程是十分必要的。