(一)要求土壤墑情適宜。土壤太干或太濕都不利于菌肥肥效的發揮，適宜的土壤濕度為60%左右，即見干見濕土壤濕度最為適宜。 

　　(二)不能與殺菌劑混用?；钚跃蔷实闹饕w現，與殺菌劑混用，殺菌劑殺滅了菌肥中的活性菌，降低菌肥的肥效。 

　　(三)不能與化肥混用。化肥多數為無機鹽類的化學物質和有機化合物中易分解而產生無機鹽類的肥料。高濃度的化學物質對菌肥里的微生物有毒害作用，進而影響微生物的存活。尤其值得注意的是：不能與碳酸氫銨等生理堿性肥料和硝酸銨等生理酸性肥料混用。 

　　(四)不同種類的菌肥也不宜混用。市場上的菌肥種類很多，其所含的活性菌種類、作用不同，它們之間是否有相互抑制作用還不是很清楚，若相互抑制，則會降低肥效。