不建議作為種肥施用，因為高濃度的尿素會破壞蛋白質的結構，使蛋白質變質，影響種子發芽和幼苗根系生長，嚴重時會使種子失去發芽能力。尿素宜用于地溫較高的土壤環境，否則會降低地溫，影響根系的生長發育。另外，無論普通尿素還是鋅腐酸尿素在生產過程中都會產生少量的縮二脲，縮二脲會影響種子的發芽和幼苗的生長，超過2%嚴重時會造成死苗。正確做法是盡量不用作種肥。若必須作為種肥施用，要避免種、肥接觸，并控制用量，禁止用其拌種或浸種。