目前，農業部門在肥料監管方面的執法依據只有《肥料登記管理辦法》（以下稱為辦法），存在幾點問題。一是屬于部門規章，法律效力不高；二是條款不健全。如《辦法》對假劣肥料的定義沒有明確界定；三是實行登記的肥料產品范圍較少?！掇k法》僅要求對40%及以下含量的復合肥料、復混肥、配方肥、微生物肥料、有機肥料和床土調酸劑等實行登記許可制度，而硫酸胺，鈣鎂磷肥、氯化鉀及高濃度復合肥等不在需要登記范圍，肥料市場監管難度大；四是對于違規被查處的肥料產品進行如何處理沒有明確規定。
　　全國人大代表、國投欽州發電有限公司總經理、黨委書記朱逢民在制定《中華人民共和國肥料管理條例》的建議中指出，化肥市場品種多、數量大、流動性強，監管難度大、范圍廣，不規范經營時有發生，有待進一步加強管理。一是化肥市場秩序混亂，許多無證無照商販參與化肥生產、經營，使化肥市場經營存在較大隱患；二是假冒偽劣化肥充斥市場；三是化肥市場品種多數量大。我國除國產化肥外，還有大量的進口化肥，化肥市場品種繁多，魚龍混雜，質量價格參差不齊等，監管難度大；四是部分肥料含有害有毒物質。一些肥料中含有重金屬等有害有毒物質，直接施用于農田，勢必危害耕地質量，從而影響農產品的質量和安全。因此需要修訂和完善肥料監管方面的法律法規，進一步規范肥料市場經濟秩序，確保肥料生產、經營和使用依法依規進行。
　　全國人大大表、鹽城市耕地質量保護站站長秦光蔚前兩年一直努力在推動肥料立法，去年他的提案已經得到農業部回復，稱國務院政策研究室正在推動立法。“全年我提肥料法，已經得到很好的答復，今年就沒再提。如果今年肥料法沒有出臺，明年我要聯合其他代表共同提出議案。”秦光蔚高興地說：“我覺得我們代表特別的熱心，不論是哪個行業，包括政府部門領導。只要我們去找他們簽字，他們都特別關心農業，關心農技發展。他們會特別認真地看，看后還跟我們一起呼吁。我們代表是人名選出來的代表，是高度負責的，對人民負責的。”
　　隨著我國農業生產的發展，人們對農產品質量安全要求的不斷提高，2015年新修訂的《食品安全法》頒布實施后，農業部部長韓長賦稱《農產品質量安全法》的修訂工作已經列上日程，為了保證這兩部法律的有效實施，對肥料質量安全的要求也在不斷提高，肥料立法可期。