不同種類的有機肥在庫房中要單存單放，拴上標簽，注明名稱和化學成分，一定不要混堆混放。硫酸銨、硝酸氫銨、氯化銨和氨水等銨態有機肥，遇到草木灰、石灰和石灰氮等堿性肥料時，容易造成氮素揮發，降低肥效；硝酸銨、硝酸鈉等硝態有機肥與過磷酸鈣混放，會使肥料潮解，引起硝態有機肥逐漸分解，變成氣體跑掉，造成不應有的損失。 

　　有機肥在庫房里要選干燥地方存放，防水防潮。有機肥一般都易溶于水，受潮或沾水后極易結塊或化成液體流失掉，嚴重影響肥效。硝酸銨、碳酸氫銨等化肥有很強的吸濕性，極易潮解；硫酸銨、氯化銨、尿素等化肥吸潮后會結成硬塊，既降低肥效，又給施用帶來麻煩。貯存時必須謹防包裝袋破損，不要堆積在室外，任其風吹、雪蓋、日曬。在室內也要用木板墊起來，離地面0.3米以上，同一種有機肥也不要堆得太高。 

　　有機肥要存放在低溫并且避光的地方，氮肥怕熱，不能與易燃易爆的物品混放在一起。